北京时间6月13日，伊朗宣布关闭该国领空，直至另行通知。当天凌晨，以色列袭击了位于伊朗中部伊斯法罕省纳坦兹的核设施，目前没有核污染的迹象。此外，纳坦兹核设施发生了爆炸。

同一天，伊朗武装部队副司令吴拉姆-阿里·拉希德在以军的空袭中身亡。据《以色列时报》报道，以色列总理内塔尼亚胡和国防部长卡茨于6月9日签署命令，要求以军为针对伊朗的行动做好准备，并决定行动日期为6月13日。

伊朗方面否认了关于伊朗武装部队总参谋长巴盖里遭暗杀的消息，称他目前还活着并正在战情室。然而，伊朗核科学家穆罕默德·马赫迪·塔赫兰奇和法里顿·阿巴斯在以色列的袭击中丧生。

特拉维夫本·古里安国际机场暂停飞机起降，直至另行通知。以色列对伊朗首都德黑兰的一栋居民楼进行空袭，造成包括妇女和儿童在内的多人伤亡。除空军实施的空袭外，以色列情报机构“摩萨德”还主导了一系列深入伊朗境内的秘密破坏行动。

据报道，伊朗伊斯兰革命卫队总司令侯赛因·萨拉米被以色列暗杀，但这一消息尚未被官方证实。伊朗伊斯兰革命卫队位于德黑兰的总部遭到以色列的袭击。伊朗纳坦兹核设施也遭到以色列袭击，目前尚不清楚袭击造成的破坏规模。

中国驻伊朗使馆提醒在伊中国公民和企业密切关注形势发展，加强安全防范。以色列一位国防官员透露，以色列国防军在首轮打击中打死了伊朗军方指挥官及高级核科学家。伊朗遭以色列袭击后，现场发出滚滚浓烟。

以色列总理内塔尼亚胡发表电视讲话称，以色列发起了针对伊朗核设施的军事行动，旨在阻止伊朗对以色列的威胁。此次行动将持续数日，直至消除这一威胁为止。以色列的目标是打击伊朗核设施、弹道导弹工厂和军事能力。

伊朗多省传出爆炸声。美国国务卿鲁比奥表示，美国未参与对伊朗的打击，首要任务是保护美军安全。数十架以军战机已完成第一阶段的空袭行动，袭击了伊朗不同地区的数十个军事目标。伊朗德黑兰伊玛目霍梅尼机场暂停所有航班起降。以色列宣布全国进入紧急状态。