当地时间13日，伊朗国家电视台证实，伊朗武装部队负责人、总参谋长巴盖里在以色列袭击中死亡。早些时候，以色列12频道电视台报道称巴盖里在以军的袭击中丧生，但随后伊朗国家通讯社报道说巴盖里还活着，当时正身处指挥中心。

初步统计显示，6名伊朗核科学家在以色列对伊朗的袭击中身亡。同日，伊朗武装部队总参谋部发布一号公告，谴责以色列的侵略和冒险行动，称其袭击了伊朗的部分平民和军事区域，导致包括妇女、儿童和军事人员在内的伤亡。伊朗方面表示将对发起这一行为的指挥官、实施者和支持者进行报复。

伊朗安全部门官员表示，对以色列袭击的回应将是严厉而果断的，并称报复细节正在最高层讨论。据路透社援引伊朗安全部门消息人士报道，伊朗最高领袖哈梅内伊安然无恙，并已听取遭以色列袭击后的局势简报。

伊朗外交部发表声明，指出以色列的袭击违反《联合国宪章》，是对伊朗的明显侵略。伊朗有权对侵略做出回应，并将毫不犹豫地保卫国家。声明呼吁联合国及地区国家立即谴责这一犯罪行为，并采取紧急的集体行动应对以色列的冒险行为。声明还强调，如果没有美国的协调和允许，以色列对伊朗的侵略不会发生，因此美国政府也应对此承担责任。